对于建筑施工类高新技术企业来说，相当一部分研发活动是以工程项目为载体，在工程项目上有专业的研发团队，工程项目既从事生产经营活动，又从事研发活动，在组织管理、费用划分等诸多方面，存在一些薄弱地方，需要下大力气进行规范管理。         

      (一)研发支出管理制度不完善

    高新技术企业认定管理办法中的研发费核算与企业实际不匹配，建筑施工企业往往重视施工，忽略了对研发的管理。企业实际发生的研发费没有被计入研发，不应属于研发费的反而列入研发费进行了核算。

      (二)研发项目立项不合理

    研发项目立项工作缺乏严谨性，如存在项目名称重复出现;有科研立项，无项目完成验收报告;存在已完结研发项目没有相应支撑材料;科研立项时间与研发费用报销时间逻辑关系不合理等问题。

      (三)研发支出费用的范围难以界定

    企业内各个部门缺乏联系，科研部门与财务部门在确认研发支出费用范围上存在差异。研发费用支出费用科目太笼统，没有根据科研项目的具体情况设置详细的费用科目。对于施工企业来说，一些部门和科研人员既从事研发活动，又对施工项目进行技术指导工作，研发人员同时进行施工和科研工作，给财务部门进行费用划分带来了很大困难。

      (四)施工成本与研发费用难以划分

    对于施工企业来说，一些部门和科研人员既从事研发活动，又对施工项目进行技术指导工作。科研人员交叉进行生产和研发活动，这就为企业的施工成本与科研费用的划分带来了一定的困难。

      (五)同一研发人员承担多个科研课题费用难以划分

    根据高新技术企业认证办法规定，各科研项目研发支出应单独核算。企业的研发部门或研发人员同时承担多个科研项目，科学研究人员的劳动成本、办公成本、设备成本和能源材料成本很难在不同的课题之间进行划分。